Su questo colle sorgeva, in epoca etrusca, l’acropoli di un’antica città. Nel 1330 un benefattore fiorentino fece costruire una cappella e una piccola casa per una Comunità di monache benedettine, che poi abbandonarono a causa della guerra.
Nel 1399 vi giunsero i Frati Minori che iniziarono a costruire il piccolo convento accanto alla chiesa ancora oggi visitabile. Il grazioso chiostro curato e custodito dai frati è uno dei ricordi di quel primo periodo di permanenza dei Frati Minori a Fiesole.
Con il passare degli anni il convento si ampliò e i frati costruirono un ulteriore chiostro e il grande refettorio utilizzato ancora oggi.
Nel 1418 fu guardiano del convento di Fiesole S.Bernardino da Siena, apostolo della devozione al Nome di Gesù. Nella parte più antica del convento è ancora conservata e visitabile, la piccola cella del santo.